tester https://github.com/GaetanBenoitDev/metaMDBG pour assembler les reads HiFi

Semble sur le papier plus efficace et plus rapide en utilisant moins de RAM. A tester.

changed milestone to %Issues en vrac

added Enhancement label

changed title from tester https://github.com/GaetanBenoitDev/metaMDBG pour assembler es HiFi to tester https://github.com/GaetanBenoitDev/metaMDBG pour assembler les reads HiFi

marked this issue as related to #249 (closed)

created branch 239-tester-https-github-com-gaetanbenoitdev-metamdbg-pour-assembler-les-reads-hifi to address this issue

created branch 239-metamdbg to address this issue

• tests fonctionnels passés
• mise à jour de l'image singularity metagwgs.sif à faire avec metamdbg + nouvelle version de samtools (1.15.1 -> 1.20)
• co-assemblage (test fonctionnel passé)

changed milestone to %Add MetaMDBG

Simuler des données HiFi en se basant les les génomes de reférence utilisés dans CAMI2 (par exemple les données marine ou souris) en utilisant pbsim3 pour tester metaMDBG par rapport à hifiasm et metaFlye dans un cas avec plusieurs samples et un nombre d'espèces proche de ce qu'on peut rencontrer dans des projets.

mentioned in issue #245 (closed)

assigned to @philipperuiz

MetaMDBG fonctionne mieux que Hifiasm et metaflye sur les simulations faites. Mais il s'agit de cas avec une profondeur peu importante et donc un assemblage très partiel (max 20% de genome fraction). Nous souhaitons continuer à tester : un test avec 3 génomes proches (intra espèce) et une profondeur d'environ 300.

Comparer les metaquast (en fait les Icarus) lancés sur chaque assemblage séparément pour avoir les genomes fraction des génomes les plus profonds, mais pour ça il me faut la correspondances avec les abondances